由于細(xì)胞類群是異質(zhì)的，即使是來源相同的單個(gè)細(xì)胞，也會(huì)由于一些原因彼此存在差異化，但細(xì)胞都是由遺傳物質(zhì)的載體，對(duì)于單個(gè)細(xì)胞間的基因組和轉(zhuǎn)錄組的差異化展現(xiàn)，單細(xì)胞測(cè)序就是觀測(cè)單個(gè)細(xì)胞間基因組和轉(zhuǎn)錄組差異化的強(qiáng)大技術(shù)手段之一。

　　單細(xì)胞懸液制備儀對(duì)生物細(xì)胞的測(cè)序中，可以選擇不同的讀長(zhǎng)、單端或雙端測(cè)序；由于對(duì)樣本檢測(cè)目的不同，數(shù)據(jù)分析、策略和方法也不同。

　　單細(xì)胞測(cè)序通?？梢苑譃镈NA測(cè)序和RNA測(cè)序兩大類。DNA測(cè)序主要是通過用高通量測(cè)序觀察基因組DNA水平的各種變化，包括從染色體到Kb片段等的復(fù)制數(shù)量的擴(kuò)大或缺失，以及點(diǎn)突變（SNP）、整合、重組等；RNA測(cè)序主要是通過觀察MRNA轉(zhuǎn)錄組水平的變化，包括各類基因表達(dá)產(chǎn)物的剪接狀況及其各種剪接體的相對(duì)比例和絕對(duì)數(shù)量等。

　　單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)應(yīng)用的流程大致包括；對(duì)單細(xì)胞的選取，可以在顯微鏡下手動(dòng)操作單細(xì)胞的選擇，也可使用自動(dòng)分選儀器來進(jìn)行選擇；同時(shí)細(xì)胞裂解和DNA擴(kuò)增，在細(xì)胞擴(kuò)增之前，RNA測(cè)序應(yīng)該有一個(gè)逆轉(zhuǎn)錄的過程；可以用各種方法來擴(kuò)大生物細(xì)胞的建庫(kù)，擴(kuò)增產(chǎn)物的建庫(kù)，建庫(kù)步驟也可與之前的DNA擴(kuò)展步驟相結(jié)合操作。

　　兩種單細(xì)胞測(cè)序方法應(yīng)用的主要區(qū)別在于；RNA測(cè)序在細(xì)胞裂解后，DNA擴(kuò)增前增加了一個(gè)逆轉(zhuǎn)錄步驟，需先將mRNA轉(zhuǎn)化為cDNA，后續(xù)再進(jìn)行擴(kuò)增、建庫(kù)、測(cè)序等步驟。根據(jù)樣本不同的應(yīng)用目的，最后的數(shù)據(jù)分析步驟也不同的。