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轉錄組測序-毛白楊
行業(yè)新聞 2020-01-07

  2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系統(tǒng),這是一套分子條形碼和分析系統(tǒng),由儀器、試劑盒和信息學軟件組成,能全面對接Illumina測序儀。

  木材形成影響木材的化學和物理性質,因此影響其作為建筑材料或生物燃料,紙漿和紙的原料的效用。為了獲得基因組范圍內(nèi)對木材形成中轉錄組測序變化和調(diào)控網(wǎng)絡的見解,北京林業(yè)大學的研究人員使用高通量RNA測序來表征來自張力木(TW),木材(OW)和成熟木質部的成熟木質部的cDNA文庫。普通木材(NW),在工業(yè)樹種毛白楊(Populus tomentosa)中。

轉錄組測序

  它們的測序產(chǎn)生140,978,316(TW),128,972,228(OW)和117,672,362(NW)讀數(shù),對應于10,127(TW),10,129(OW)和10,129(NW)獨特基因。其中,361個基因在TW和OW之間差異轉錄(log2FC≥1或≤-1,F(xiàn)DR <0.05),OW和NW之間差異為2,658,TW和NW之間差異為2,417。這表明NW與樹枝中的木材明顯不同; GO術語分析還表明OW經(jīng)歷了更多的轉錄組測序重構。差異表達的基因包括97個編碼轉錄因子(TF),40個參與激素信號轉導,33個參與木質素生物合成,21個參與類黃酮生物合成,43個參與細胞壁代謝,包括纖維素合成酶,蔗糖合成酶和COBRA。與TW或OW相比,超過一半差異表達的TF在NW中表現(xiàn)出低4倍以上的轉錄水平,表明不同木材類型的TF豐度差異顯著,并且可能在反應木材的形成中起重要作用。此外,與TW相比,參與木質素生物合成的大多數(shù)基因的轉錄物在OW中更豐富,這與OW的較高木質素含量一致。

  基于不同基因的共表達模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質素和纖維素生物合成的轉錄組網(wǎng)絡,包括TF。最后,他們使用逆轉錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。表明不同木材類型的TF豐度差異顯著,可能在反應木材的形成中起重要作用。此外,與TW相比,參與木質素生物合成的大多數(shù)基因的轉錄物在OW中更豐富,這與OW的較高木質素含量一致?;诓煌虻墓脖磉_模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質素和纖維素生物合成的轉錄組網(wǎng)絡,包括TF。最后,他們使用逆轉錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。表明不同木材類型的TF豐度差異顯著,可能在反應木材的形成中起重要作用。

  此外,與TW相比,參與木質素生物合成的大多數(shù)基因的轉錄物在OW中更豐富,這與OW的較高木質素含量一致。基于不同基因的共表達模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質素和纖維素生物合成的轉錄組網(wǎng)絡,包括TF。最后,他們使用逆轉錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因?;诓煌虻墓脖磉_模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質素和纖維素生物合成的轉錄組測序網(wǎng)絡,包括TF。最后,他們使用逆轉錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因。基于不同基因的共表達模式,研究人員構建了兩個用于調(diào)節(jié)木質素和纖維素生物合成的轉錄組網(wǎng)絡,包括TF。最后,他們使用逆轉錄定量PCR來驗證鑒定的差異表達基因?! ?/p>

轉錄組測序

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