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瀕危動物中蠑螈的實驗轉錄組學分析講解
行業(yè)新聞 2018-12-27

  2016年,10x Genomics公司推出ChromiumTM系統,這是一套分子條形碼和分析系統,由儀器、試劑盒和信息學軟件組成,能全面對接Illumina測序儀。

  中國蠑螈(Hynobius chinensis)是中國特有的瀕危兩棲蠑螈,因其研究古生物學進化史和減少種群規(guī)模的價值而備受關注。盡管對Hynobius chinensis基因組越來越感興趣,但該物種的基因組資源仍然非常有限。應該產生一個綜合的Hynobius chinensis轉錄組,它將為基因組注釋,候選基因鑒定和分子標記開發(fā)提供資源以補充它。

瀕危動物中蠑螈的實驗轉錄組學分析講解

  中國浙江海洋大學的研究人員通過Illumina測序進行了Hynobius chinensis轉錄組的從頭組裝??偣搏@得148,510個非冗余unigenes,平均長度約為580bp。總共60,388(40.66%)unigenes在至少一個數據庫中顯示同源匹配,并且33,537(22.58%)unigenes在所有四個數據庫中注釋。總共有41,553個unigenes通過BLAST2GO搜索被分類為62個子類別,并且19,468個轉錄物被分配到140個KEGG途徑。鑒定了大量涉及免疫系統,局部適應,繁殖和性別決定的unigenes,以及31,982個簡單序列重復(SSR)和460,923個推定的單核苷酸多態(tài)性(SNP)。

瀕危動物中蠑螈的實驗轉錄組學分析講解

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